สถาบันฯ อยู่ภายใต้การกำกับและดูแลของสภามนตรีของสถาบันฯ (MI Council) อันประกอบด้วยตัวแทนกิตติมศักดิ์จากรัฐบาลของประเทศ GMS โดยที่ MI ดำเนินงานภายใต้กรอบกิจกรรม 3 ด้าน คือ 1) การพัฒนาทางการเกษตรและการพาณิชย์ (Agricultural Development and Commercialization) 2) การอำนวยความสะดวกด้านการค้าและการลงทุน (Trade and Investment Facilitation) และ 3) นวัตกรรมและการเชื่อมโยงเทคโนโลยี (Innovation and Technological Connectivity) ผ่านตัวแทนประสานงานจากกระทรวงหลัก (National Coordinating Agencies) ของทั้ง 6 ประเทศ ดังนี้
กระทรวงวางแผน ประเทศกัมพูชา (Ministry of Planning, Cambodia)
สำนักงานวิจัยและประสานงานแห่งมณฑลยูนนาน เพื่อความร่วมมือระดับอนุภูมิภาคแห่งลุ่มน้ำล้านช้าง-แม่โขง สถาบันวิทยาศาสตร์และการพัฒนาเทคโนโลยี มณฑลยูนาน ประเทศจีน (Yunnan Research & Coordination Office for Lancang –Mekong Subregional Cooperation, Yunnan Academy of Science and Technology Development)